Cả quá trình thanh trùng và đóng hộp đều có tác dụng tiêu diệt các vi sinh vật nguy hiểm trong thực phẩm, bao gồm vi khuẩn, nấm men và nấm mốc. Quá trình thanh trùng đun sôi thực phẩm trực tiếp, thường là sữa, trong khi phương pháp đóng hộp yêu cầu thực phẩm phải được cho vào một vật chứa kín khí trước khi đun sôi nó trong nồi cách thủy hoặc hộp áp suất.
Quá trình thanh trùng có thể diễn ra theo hai cách, tùy thuộc vào thời hạn sử dụng mong muốn. Việc thanh trùng thường xuyên tạo ra thời hạn sử dụng từ hai đến ba tuần và bao gồm việc làm nóng sữa đến ít nhất 161,6 độ F trong 15 giây. Quá trình thanh trùng bao gồm việc làm nóng thực phẩm lên đến 280 độ F trong khoảng hai giây và cung cấp thời hạn sử dụng khoảng chín tháng. Đối với việc đóng hộp, quyết định sử dụng đồ hộp cách thủy hay đồ hộp áp suất phụ thuộc vào loại thực phẩm được đóng hộp. Thực phẩm có hàm lượng axit cao như trái cây có thể được đóng hộp bằng đồ hộp cách thủy. Thực phẩm có hàm lượng axit thấp, chẳng hạn như rau, chứa một loại sinh vật độc nhất gọi là độc tố botulinum, cần phải có một máy ép để tiêu diệt nó.
Có một cuộc tranh luận lớn về việc nên hay không nên tiệt trùng sữa. Các nhà hoạt động sữa tươi cho rằng hành động thanh trùng giết chết các vitamin và chất dinh dưỡng quan trọng trong sữa. Mặc dù đã chứng minh được rằng quá trình thanh trùng không giết chết vitamin C trong sữa, nhưng Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh khẳng định rằng sữa không phải là một nguồn cung cấp vitamin C đáng kể và nói chung, quá trình thanh trùng không làm giảm giá trị dinh dưỡng của sữa.
