Kem phô mai có thể đông lạnh. Tuy nhiên, nên đo độ đông để đảm bảo nó có thể làm đông đầy đủ bánh ngọt hoặc bánh nướng nhỏ trước khi đông lạnh và nên rã đông hoàn toàn trước khi sử dụng. Tốt nhất là không nên làm đông lại lớp phủ kem phô mai sau khi đã lấy ra khỏi tủ đông.
Phần đông lạnh nên được xúc vào túi đông lạnh. Để đảm bảo không có không khí thừa trong túi, túi nên được ép phẳng trước khi niêm phong. Việc dán nhãn và xác định niên đại của túi là lý tưởng để bạn có thể dễ dàng nhận biết được lớp sương phủ và không bị để trong tủ đông quá lâu. Kem phủ phô mai cũng có thể được bảo quản trong các hộp an toàn trong tủ đông, được bọc trong màng bọc nhựa để ngăn tủ đông bị cháy.
