Việc chặt phá có chọn lọc cho phép các hệ sinh thái hỗ trợ nhiều động vật hoang dã hơn là chặt phá và cho phép rừng giữ lại một số khả năng chống lại bệnh tật và sâu bệnh. Ngoài ra, các nghiên cứu cho thấy mức độ hấp thụ carbon sẽ nhanh chóng phục hồi nếu việc cắt chọn lọc được thực hiện đúng cách. Một số nhược điểm là một số loài có thể không tái sinh nhanh chóng, và việc làm mỏng rừng có thể dẫn đến gia tăng thiệt hại do băng, bão hoặc hỏa hoạn.
Một trong những lợi thế lớn nhất của việc chặt phá có chọn lọc là tác động sinh thái tổng thể lên rừng được giảm bớt. Mặc dù quá trình này là xâm lấn, nhưng một khu rừng được chặt chọn lọc có thể hỗ trợ nhiều loài hơn một khu rừng bị chặt phá rõ ràng. Ngoài ra, việc chặt phá rừng sẽ dễ bị bệnh hơn nhiều so với việc chặt một cách chọn lọc. Ở một số khu vực, việc chặt bỏ những cây già cỗi có thể để lại chỗ cho những loài mới có khả năng chịu bóng tốt hơn những cây ban đầu. Cuối cùng, nghiên cứu được thực hiện tại Amazon bởi Michael Goulden thuộc Đại học California tại Irvine cho thấy rằng rừng lấy lại phần lớn khả năng hấp thụ carbon dioxide ngay sau khi chúng bị chặt có chọn lọc.
Tuy nhiên, vẫn có những nhược điểm đối với phương pháp cắt chọn lọc. Có một số loài cây, đặc biệt là cây thông, cây đầu tiên và cây gỗ đỏ, không tái sinh tốt sau khi chặt chọn. Điều này có nghĩa là thành phần tổng thể của khu rừng có thể thay đổi sau khi chặt phá có chọn lọc. Gió và bão băng có thể làm hỏng các khu vực mở để lại bằng cách cắt có chọn lọc. Cháy cũng là một rủi ro sau khi cắt có chọn lọc, vì đất khô đi và đám cháy dễ bùng phát hơn. Cuối cùng, trong khi một khu rừng có thể phục hồi lượng carbon hấp thụ nhanh chóng sau khi chặt phá có chọn lọc, thì một khu rừng đã mọc trở lại sau khi bị chặt không có đầy đủ tính đa dạng của một khu rừng già.
