Những người uống cà phê ít có nguy cơ mắc bệnh tiểu đường loại 2, bệnh Parkinson và chứng sa sút trí tuệ hơn những người không uống cà phê. Những người uống cà phê cũng có ít trường hợp mắc một số bệnh ung thư, các vấn đề về nhịp tim và đột quỵ hơn. Tuy nhiên, cà phê có chứa caffeine có thể gây mất ngủ, buồn nôn và nôn, cũng như tăng nhịp tim. Theo WebMD, tiêu thụ một lượng lớn cà phê cũng có thể gây đau đầu, ù tai và nhịp tim không đều.
Caffeine và các chất chuyển hóa của nó đã được chứng minh là giúp ích cho chức năng nhận thức. Chất béo trong cà phê hoạt động như một chất bảo vệ chống lại một số tế bào ác tính bằng cách điều chỉnh các enzym giải độc. Theo About.com, những người đàn ông uống sáu tách cà phê mỗi ngày giảm một nửa nguy cơ mắc bệnh tiểu đường loại 2 và những phụ nữ uống cùng một lượng giảm 30% nguy cơ mắc bệnh.
Tuy nhiên, lượng caffeine cao hơn làm tăng cholesterol trong huyết thanh và gây ra các mối đe dọa đối với sức khỏe mạch vành như nhồi máu cơ tim và não, mất ngủ và các biến chứng tim mạch. Theo PubMed, việc cai caffein đi kèm với chứng mỏi cơ ở những người nghiện cà phê. Các bằng chứng khác cho thấy phụ nữ mang thai nên tránh tiêu thụ quá nhiều cà phê, cũng như phụ nữ sau mãn kinh vì cà phê can thiệp vào các hormone sau mãn kinh. Caffeine trong cà phê là hóa chất gây nghiện chiếm phần lớn các nhược điểm của cà phê.