Một nhóm mô làm việc cùng nhau để thực hiện một chức năng cụ thể được gọi là cơ quan. Cơ thể con người có nhiều cơ quan, và mỗi cơ quan đều có chức năng riêng. Trong một số trường hợp, các nhóm cơ quan cũng hoạt động cùng nhau để phục vụ một chức năng lớn hơn và đây được gọi là hệ cơ quan.
Các cơ quan được tìm thấy trong khoang chính của cơ thể được gọi là các cơ quan nội tạng hoặc phủ tạng. Ví dụ, cơ quan tiêu hóa là tất cả các cơ quan nội tạng. Điều này bao gồm dạ dày, có chức năng khuấy và trộn thức ăn; ruột non, là một nhóm các mô làm việc cùng nhau để phân hủy và hấp thụ chất dinh dưỡng từ thức ăn; và ruột già, nơi nước được tái hấp thu vào dòng máu. Mỗi cơ quan này chứa một số loại mô, nhưng tất cả chúng đều hoạt động cùng nhau để hoàn thành chức năng chính của cơ quan. Các cơ quan trong hệ tiêu hóa đều phối hợp với nhau để hoàn thành chức năng chính của hệ thống - phân hủy thức ăn, hấp thụ chất dinh dưỡng và bài tiết các sản phẩm cuối cùng.
Cơ thể cũng chứa nhiều cơ quan được tìm thấy bên ngoài khoang nội tạng. Các cơ quan này cũng bao gồm các nhóm mô liên kết với nhau. Ví dụ như da, là cơ quan lớn nhất trong cơ thể người và mắt, là cơ quan được tạo thành từ hơn 30 loại mô khác nhau.
