Mối nguy cơ cơ bản của việc ăn bánh mì bị mốc là bị đau dạ dày hoặc phản ứng dị ứng với nấm mốc. Có những trường hợp nấm mốc hình thành độc tố nấm mốc trong bánh mì, đe dọa sức khỏe đáng kể đối với những người ăn chúng. Những loại nấm mốc nguy hiểm này không thể phân biệt được với những loại nấm vô hại.
Bánh mì bị mốc gây ra các tác dụng phụ về thể chất như đau bụng, khô hoặc ngứa miệng và các triệu chứng dị ứng liên quan đến độ nhạy cảm với nấm mốc nói chung. Trong trường hợp chất độc phát triển kết hợp với nấm mốc, con người có nguy cơ bị các vấn đề thể chất nghiêm trọng hơn. Nhìn vào sự phát triển của nấm mốc thì không thể biết được có các chất độc hại này hay không.
Độc tố nấm mốc có một số biến thể, bao gồm aflatoxin, citrinin và ochratoxin. Các chất độc hại do nấm mycotoxin hình thành trên bánh mì gây ra các vấn đề như suy giảm tổng hợp RNA, ung thư gan, suy thận và tử vong trong những trường hợp nghiêm trọng hơn. Sự hiện diện của loại nấm mốc này trong thực phẩm thường khó phát hiện.
Các loại độc tố nấm mốc khác xuất hiện trong bánh mì mốc sẽ tấn công hệ thần kinh hoặc gây ra các triệu chứng giống như sốt. Những chất này phải được tiêu thụ với khối lượng vừa phải để tạo ra các tác dụng phụ nghiêm trọng, nhưng việc ăn phải độc tố nấm mốc ở bất kỳ khối lượng nào vẫn bị coi là nguy hiểm.