Hệ thống cơ chịu trách nhiệm kiểm soát cơ xương và cơ của các cơ quan nội tạng, bao gồm tim, dạ dày và ruột. Nó kết nối với hệ thần kinh và nhận đầu vào từ các tế bào thần kinh hoạt động, cho phép nó để phản ứng với các kích thích bên ngoài hoặc bên trong.
Cơ xương gắn vào xương bằng gân. Khi chúng nhận được tín hiệu từ tiểu não để co lại hoặc kéo dài ra, chúng sẽ kéo gân, từ đó kéo xương và cử động chi. Ví dụ, các cơ được sử dụng để nâng một vật bằng cánh tay bao gồm cơ bắp tay và cơ cẳng tay. Gân cơ nhị đầu nối với cẳng tay. Khi bắp tay co, gân kéo cơ tay trước. Cơ xương thường tồn tại thành từng cặp bổ sung cho nhau, chẳng hạn như cặp cơ tay /cơ tam đầu, cơ tứ đầu /bắp chân, v.v.Ngược lại, mô cơ trơn và cơ tim là không tự chủ. Các chức năng của chúng được kiểm soát bởi tủy, nơi chịu trách nhiệm cho các chức năng quan trọng như nhịp tim. Một ví dụ về hoạt động cơ không tự chủ là sự giãn nở và co lại của cơ hoành. Điều này cho phép phổi mở rộng và lấy không khí vào. Một ví dụ khác là nhu động ruột, xảy ra ở thực quản và ruột. Đây là một làn sóng co bóp để di chuyển thức ăn dọc theo đường tiêu hóa.