Các chỉ số dưới trong một phương trình hóa học là số ở phía dưới bên phải của một nguyên tố hóa học cho một nhà hóa học biết có bao nhiêu nguyên tử của nguyên tố đó trong phương trình. Mặt khác, các siêu ký hiệu trong một phương trình hóa học là ký hiệu của điện tích ion dương hoặc âm.
Những ký hiệu hóa học này rất quan trọng trong việc cân bằng một phương trình hóa học và hiểu được kết quả khi kết hợp các chất nhất định. Ví dụ, nếu một phương trình hóa học có ba nguyên tử oxy ở bên trái, thì bên phải kết thúc với ba nguyên tử oxy (cho đến khi hệ số được đưa vào). Các chỉ số không bao giờ được thay đổi từ phía này sang phía khác của phương trình. Phương trình hóa học tương tự như phương trình toán học và mọi thứ phải được tính toán để có một công thức hoàn chỉnh.
Một ví dụ hữu ích là nước. Nước được viết là H2O, nhưng với hai nước là ký hiệu con ở bên phải chữ H. Hai nguyên tử này đại diện cho hai nguyên tử hydro được liên kết với oxy.
Tương tự như vậy, các chỉ số trên cũng phải duy trì sự cân bằng trong các phương trình hóa học. Các ký hiệu siêu âm cho các nhà khoa học biết nguyên tử giữ điện tích ion nào. Nếu nó là dương, thì nó là một cation. Nếu nó là âm, thì đó là anion.