Thuộc địa phân lập là thuộc địa vi khuẩn đã được phân lập khỏi các chất gây ô nhiễm khác, thường bằng cách đặt mẫu vào đĩa petri vô trùng hoặc lam kính có chất dinh dưỡng. Quá trình này đảm bảo mọi quan sát hoặc thí nghiệm đều miễn phí từ các chất gây ô nhiễm sinh học bên ngoài. Thuộc địa này thường được gọi là "nền văn hóa thuần túy".
Bởi vì nền văn hóa tinh khiết nhất có nguồn gốc từ một tế bào đơn lẻ, các nhà sinh học có thể đi rất nhiều thời gian để tạo ra các khuẩn lạc biệt lập. Nền nuôi cấy đầu tiên được coi là bị ô nhiễm. Nó được phân tán trên môi trường dinh dưỡng, thường chỉ đơn giản bằng cách đặt nó trên phiến kính hoặc đĩa. Nếu được thực hiện chính xác, điều này đảm bảo rằng các tế bào đang phân chia sẽ tạo ra các khuẩn lạc nhỏ cô lập mà sau đó có thể được chuyển sang một phiến kính khác như một mẫu cấy tinh khiết. Một phương pháp khác để tạo ra các mẫu cấy tinh khiết bao gồm hòa tan các mẫu vi khuẩn trong nước và sau đó sử dụng kính hiển vi để xác định vị trí một giọt có một vi khuẩn được phân lập duy nhất. Sau đó, vi khuẩn này được thả vào dung dịch dinh dưỡng trong nước để tạo ra khuẩn lạc.
Khi một thuộc địa biệt lập đã được phát triển, nó có thể được sử dụng cho một số mục đích. Trong các phòng thí nghiệm y tế, các khuẩn lạc biệt lập thường được sử dụng để xác định và chẩn đoán bệnh, kiểm tra chất lượng của mẫu tế bào ung thư hoặc xác định loại kháng sinh nào có hiệu quả nhất trong việc chống lại vi khuẩn. Phòng thí nghiệm di truyền học sử dụng những mẫu này để thử nghiệm với DNA tái tổ hợp hoặc tìm kiếm các gen cụ thể.
