Trong khi pho mát tự nhiên được làm từ các thành phần hoàn toàn tự nhiên và được làm chín, pho mát đã qua chế biến thường được làm một phần từ pho mát tự nhiên có thêm chất bảo quản và các thành phần nhân tạo. Phô mai chế biến sau đó được nhũ hóa và ép định hình để cắt lát hoặc ép đùn vào lon và lọ. Phô mai đã qua chế biến thường có hàm lượng natri cao hơn nhiều so với phô mai tự nhiên và không giống như phô mai tự nhiên, nó thường có hạn sử dụng.
Hầu hết các loại pho mát tự nhiên được làm từ những nguyên liệu rất đơn giản - sữa, men dịch vị (enzyme được tạo ra trong dạ dày của động vật nhai lại) và muối. Hương vị và kết cấu pho mát tự nhiên chủ yếu đến từ các loại sữa và men dịch vị khác nhau. Sau khi sữa được rút hết khỏi sữa đông, nó được tạo thành bánh xe và ủ (trong một số trường hợp từ 60 ngày đến ba năm) để đạt được hương vị chính xác.
Mặc dù pho mát đã qua chế biến có chứa một số pho mát tự nhiên, chúng cũng chứa whey, chất nuôi cấy pho mát và các chất phụ gia khác như natri xitrat, natri photphat và axit sorbic. Ngoài ra, không giống như nhiều loại pho mát tự nhiên, pho mát chế biến nhiều có chứa chất annatto để tạo màu da cam. Hầu hết các pho mát đã qua chế biến đều được thiết kế để có thời hạn sử dụng lâu dài, vì vậy sau khi được nhũ hóa và pha trộn, nó có thể được đóng gói và vận chuyển ngay lập tức. Mặc dù theo một số cách, nó tiện lợi hơn phô mai tự nhiên, nhưng phô mai đã qua chế biến cũng thường đắt hơn các loại phổ biến như phô mai cheddar và phô mai Thụy Sĩ.
