Nước chanh đóng chai hoặc nước cốt chanh cô đặc có thời hạn sử dụng từ 6 đến 9 tháng khi được bảo quản trong tủ lạnh. Nước chanh tươi vắt có thời hạn sử dụng ngắn hơn đáng kể từ 2 đến 3 ngày khi được bảo quản trong tủ lạnh.
Nước chanh cũng có thể được bảo quản trong ngăn đá lên đến một năm. Một cách để bảo quản nước chanh là đặt nước chanh vào khay đá, để cho nó đông lại hoàn toàn rồi đặt các viên vào hộp kín trong ngăn đá. Không nên uống nước chanh có mùi hôi hoặc có màu kỳ lạ.