Một trong những nhược điểm lớn nhất của năng lượng thủy điện là sự xáo trộn lớn mà đập một con sông gây ra cho người dân, động vật và môi trường sống xung quanh. Một vấn đề khác là các đập và nhà máy thủy điện mất nhiều năm để xây dựng và cực kỳ tốn kém, mặc dù chúng chỉ có chi phí tối thiểu sau khi hoàn thành. Nước trong khu vực phải dồi dào, và các tiêu chuẩn bảo dưỡng phải nghiêm ngặt.
Khả năng tạo ra điện của nhà máy thủy điện phụ thuộc hoàn toàn vào lưu lượng nước, vì vậy nó cần một vị trí có lượng mưa thường xuyên. Nếu lượng mưa không đủ mỗi năm để liên tục lấp đầy hồ chứa do đập tạo ra, nhà máy thủy điện không thể liên tục tạo ra điện.
Khi một khu vực bị ngập sau khi xây dựng một con đập, cây cối và các loài thực vật khác trong khu vực đó sẽ nhanh chóng chết và bắt đầu phân hủy. Khi điều này xảy ra, khí mê-tan và carbon dioxide được giải phóng vào bể chứa và cuối cùng là vào khí quyển. Con đập cũng gây ra một vấn đề khác khi nước lấy thêm nitơ chảy qua đó, có thể gây độc cho cá và dẫn đến cái chết của các quần thể biển.
Các con đập cũng gây ra rủi ro lớn nếu chúng bị vỡ hoặc bị phá hủy, điều này sẽ tạo ra một bức tường nước khổng lồ và phá hủy mọi thứ ở hạ nguồn.
