Các cặp bazơ được giữ với nhau bằng liên kết hydro. Tùy thuộc vào các nucleotit tạo nên cặp bazơ, có hai hoặc ba liên kết hydro. Liên kết hydro thực chất không phải là liên kết mà là lực hút đáng kể giữa nguyên tử hydro tích điện dương của một phân tử và nguyên tử mang điện tích âm của phân tử khác.
Tất cả các cặp bazơ DNA đều bao gồm hai nucleotide. Có bốn nucleotide có thể có cho mỗi vị trí trong một cặp, có nghĩa là có 10 sự kết hợp có thể có cho một cặp tổng số. Bốn nucleotide là adenine, cytosine, thymine và guanine, thường được biểu thị bằng các chữ cái A, C, T và G, tương ứng.
