Du lịch sinh thái có thể mang lại kinh phí cần thiết cho các nỗ lực bảo tồn trên toàn cầu, nhưng nó cũng có thể gây căng thẳng cho động vật hoang dã và các quần thể địa phương, nếu không được xử lý đúng cách. Hệ sinh thái mong manh càng có nhiều du khách mỗi năm, giao thông càng có xu hướng phá hủy môi trường sống và ảnh hưởng đến môi trường địa phương. Du lịch sinh thái cũng có thể mang lại đầu tư và phát triển bên ngoài cho một khu vực với cái giá phải trả là việc làm và cơ sở hạ tầng tại địa phương.
Một bất lợi lớn đối với du lịch sinh thái là nó thường chuyển nền kinh tế địa phương sang nền kinh tế du lịch, kìm hãm triển vọng kinh tế tự nhiên của khu vực để phục vụ những người nước ngoài giàu có. Điều này có thể phá hủy ngành công nghiệp và nông nghiệp địa phương khi người lao động tìm thấy mức lương tốt hơn để phục vụ khách và có thể dẫn đến một vòng xoáy kinh tế đi xuống. Dòng tiền từ bên ngoài vào có thể bù đắp phần nào điều này, nhưng nó khiến nền kinh tế địa phương hoàn toàn phụ thuộc vào các nguồn vốn nước ngoài, vốn là một tình hình kinh tế bấp bênh.
Các sở du lịch phải cân bằng giữa việc tiếp cận với các loài động vật hoang dã quý hiếm và việc bảo vệ các loài động thực vật có nguy cơ tuyệt chủng. Nếu khách du lịch không thể nhìn thấy môi trường sống hiếm có và những người cư ngụ của họ, không có lý do gì để đến thăm khu vực này, nhưng quá nhiều xe cộ có thể gây ảnh hưởng tiêu cực. Nếu được quản lý kém, hướng dẫn viên địa phương có thể tạo cơ hội cho du khách bỏ qua các hoạt động được quy định, có thể gây hại cho các loài động vật ở trung tâm của ngành du lịch sinh thái.
