Hạn chế chính của khai thác công nghiệp là các hoạt động khai thác gây ra thiệt hại cho môi trường. Việc loại bỏ các khu vực lớn của lớp đất mặt có thể phá hủy môi trường sống và các hóa chất được sử dụng trong hoạt động khai thác có thể ngấm vào nước ngầm và gây ô nhiễm khu vực. Ô nhiễm không khí và ô nhiễm phóng xạ là những mặt trái có thể có khác.
Một mối nguy hiểm tiềm tàng khác là sự bất ổn định về địa chất. Năm 1980, một mỏ muối bên dưới Hồ Peigneur ở Louisiana đã bị sập khi một hoạt động khoan dầu làm thủng một phần của mỏ, và kết quả là sự sụp đổ đã hút sà lan, xe cộ và các tòa nhà. Khi hồ lắng xuống, toàn bộ bờ biển và khu vực đã bị thay đổi đáng kể do sự sụp đổ.
