Các nhân tố sinh học của rạn san hô bao gồm động vật, san hô, thực vật và một số dạng vi khuẩn. Các nhân tố sinh học này bao gồm sự lây lan của nhiều loài khác nhau. Giống như nhiều hệ thống khác trong tự nhiên, các rạn san hô đòi hỏi sự đa dạng của sự sống để duy trì sự ổn định trong quần thể của chúng. Có một số tác động qua lại giữa các yếu tố sinh học và phi sinh học trong một rạn san hô.
Theo Everday Life, một rạn san hô là nơi cư trú của nhiều loại san hô khác nhau. San hô là một loại polyp nhỏ sinh sản và hình thành khuẩn lạc. Khi các khối u chết đi và để lại lớp vỏ canxi cacbonat, chúng sẽ tạo thành cơ sở của chính san hô.
Tuy nhiên, cài đặt này không chỉ là nơi chứa nhiều polyp. Các loài động vật, chẳng hạn như rùa biển, nhím biển, cá và một số loài cua, cũng như các động vật nhỏ như sinh vật phù du, cũng sống trong các rạn san hô. Ngoài ra còn có các loài động vật săn mồi, như cá mập, cá chình và cá nhồng. Cá heo và một số loài chim biển cũng thường xuyên đến những địa điểm này.
Với tất cả hoạt động này, các rạn san hô trở thành nơi trú ẩn tự nhiên cho các loại vi khuẩn khác nhau. Vi khuẩn này phân hủy vật chất hữu cơ chết và chuyển nó thành năng lượng mà các sinh vật khác có thể tiêu thụ. Sinh vật tự dưỡng có thể chuyển hóa chất hữu cơ đã chết thành năng lượng và chúng cũng phát triển mạnh trong rạn san hô.
