Các nguyên nhân phổ biến gây ô nhiễm thực phẩm bao gồm vi khuẩn, vi rút và ký sinh trùng xâm nhập vào quá trình sản xuất trong giai đoạn trồng trọt, thu hoạch, chế biến, vận chuyển hoặc chuẩn bị. Thực phẩm đặc biệt dễ bị ô nhiễm có hại bao gồm sống và sẵn sàng -thực phẩm để ăn, chẳng hạn như sản phẩm, không được nấu chín trước khi tiêu thụ.
E. coli là một trong những chất gây ô nhiễm phổ biến nhất và là kết quả của việc thịt bò chưa nấu chín đã bị nhiễm phân trong quá trình giết mổ. Thực phẩm nhiễm khuẩn salmonella bị nhiễm chéo thường xảy ra trong nhà bếp, nơi người đầu bếp xử lý thịt và gia cầm sống bằng dụng cụ hoặc tay chưa rửa cũng đang xử lý thực phẩm nấu chín hoặc ăn liền, dẫn đến ngộ độc thực phẩm cho người tiêu dùng.
