Một số loài động vật ăn cà chua, bao gồm sóc, thỏ, hươu và gấu trúc. Một số loài động vật, chẳng hạn như bọ ngựa, phá hoại cây cà chua trong quá trình lấy quả.
Giữ động vật không tiếp xúc với cây cà chua có thể khó khăn và các phương pháp khác nhau tùy thuộc vào loài động vật. Giữ hươu ra ngoài bằng hàng rào có thể khó khăn vì chúng có thể nhảy qua hàng rào ngắn hơn khoảng 9 feet. Tiếng chó sủa thường là cách răn đe tốt nhất đối với hươu, và mèo có thể là người bảo vệ hiệu quả chống lại sóc và các động vật nhỏ khác.
Đối với một số loài động vật đào hang như bọ ngựa, hàng rào phải được chôn sâu vài feet để ngăn chúng đào bới bên dưới. Đối với những chú gấu trúc thông minh và có khả năng thích nghi cao, chỉ có một chiếc lồng đầy đủ mới có thể ngăn chúng ra khỏi cây cà chua. Cú giả hoặc rắn giả có thể giúp giữ thỏ.
Rải các chất tự nhiên như nước tiểu của động vật ăn thịt hoặc ớt cay có thể là những cách không độc hại, hiệu quả để ngăn động vật tránh xa cây cà chua. Một số người làm vườn trồng nhiều cà chua hơn mức họ cần, vì biết rằng động vật sẽ nhặt nhạnh một số. Ở một số khu vực, chủ nhà bẫy động vật hoang dã là bất hợp pháp. Ngay cả khi con vật không bị tổn hại, việc di dời nó ra khỏi khu vực thông thường của nó có thể gây thương tích hoặc tử vong cho con vật.
