Một số loài thực vật được tìm thấy ở Ấn Độ Dương là các loài cây ngập mặn trong rừng ngập mặn của Madagascar, cỏ biển ven biển của Ấn Độ và tảo vĩ mô của Tây Úc. Ấn Độ Dương bao gồm nhiều vùng sinh thái đa dạng về mặt sinh học, bao gồm các bờ biển phía đông của châu Phi, phía tây Australia và các đường bờ biển phía nam của châu Á.
Là một hòn đảo lớn nằm gần đông nam châu Phi, Madagascar được bao quanh hoàn toàn bởi Ấn Độ Dương và có thảm thực vật ven biển thuộc loại đa dạng nhất trên thế giới. Các cây ngập mặn của nó mọc dọc theo các vùng triều của đất nước và có thể được xác định bởi các rễ bám vào nhau trong vùng nước thủy triều ở các vĩ độ gần xích đạo nhất về phía bắc.
Rừng ngập mặn của Ấn Độ có nhiều trong rừng Sundarbans nằm gần các bờ biển phía tây nam của đất nước và xung quanh Vịnh Bengal. Những bãi cát tích tụ quanh các cửa sông bên vịnh cuối cùng có thể hình thành các đụn cát trong các trận bão gió mùa để trồng cỏ biển, chúng cũng mọc trên đồng cỏ đầm phá trong Vịnh Mannar và quần đảo Lakshadweep.
Bang Tây Úc cũng có các quần thể cỏ biển xung quanh vùng nước ven biển kéo dài đến Ấn Độ Dương. Ngoài cỏ biển, hệ thực vật thủy sinh của nó bao gồm nhiều loài tảo khác nhau, chẳng hạn như tảo dưới triều đỏ, tảo biển xanh và tảo nâu, tất cả đều có nguồn gốc từ các hệ sinh thái của Úc.
