Nhiều nhà thực vật học sử dụng các công cụ như kính lúp, máy ảnh, thiết bị GPS, hướng dẫn thực địa và máy tính. Ngoài ra, một cuốn sổ ghi chép đơn giản và bút chì là những công cụ vô giá cho phép các nhà sinh học thực địa ghi lại những quan sát của họ. Các nhà thực vật học sử dụng nhiều công cụ khác nhau, tùy thuộc vào chuyên môn của họ và nhiệm vụ cụ thể mà họ đang cố gắng hoàn thành.
Một số nhà thực vật học làm việc trong các phòng thí nghiệm với các công cụ và thiết bị tiên tiến. Ví dụ, các nhà thực vật học đang cố gắng điều tra DNA hoặc cấu trúc hiển vi của thực vật có thể yêu cầu kính hiển vi và các thiết bị phòng thí nghiệm công nghệ cao khác. Các nhà thực vật học khác làm việc trong nhà kính, nghiên cứu thói quen sinh trưởng và nhu cầu dinh dưỡng của thực vật. Các nhà khoa học như vậy phải sử dụng ẩm kế, bộ dụng cụ kiểm tra đất và các thiết bị đo lường khác. Các nhà thực vật học thiên về học thuật, đặc biệt là những người tập trung vào nghiên cứu phân loại học hoặc tin học, dành phần lớn thời gian sử dụng máy tính và tham khảo sách để hoàn thành công việc của mình.
Máy cắt tỉa, kéo cắt cành được sử dụng bởi các nhà thực vật học với nhiều loại đặc sản khác nhau, đặc biệt là đối với những người làm việc trong lĩnh vực này. Một số nhà thực vật học sử dụng một công cụ gọi là hori-hori để đào rễ của những cây thân thảo nhỏ. Các thùng chứa và túi thu thập rất hữu ích cho việc vận chuyển mẫu trở lại phòng thí nghiệm để phân tích chi tiết hơn. Máy ép thực vật cũng là công cụ hữu ích cho phép các nhà thực vật học bảo quản lá để nghiên cứu sau này.
