Người ta có thể giữ bánh hạnh nhân mới nướng đến bốn ngày ở nhiệt độ phòng trong hộp nhựa đậy kín. Tuy nhiên, điều này chỉ đúng với bánh hạnh nhân không có lớp phủ bao gồm trứng hoặc các thành phần sữa chẳng hạn như kem bơ.
Để giữ ẩm cho bánh hạnh nhân trên mặt quầy, người ta cũng có thể đặt một lát bánh mì vào hộp nhựa trước khi đậy lại.
Bánh hạnh nhân làm lạnh có thể được đông lạnh và giữ được từ bốn đến sáu tháng. Trước khi bảo quản trong tủ đông, người ta có thể bọc chúng trong màng bọc thực phẩm bằng nhựa hoặc giấy nhôm và cho vào ngăn đá kín gió. Nếu bánh hạnh nhân cần được xếp chồng lên nhau trong hộp, có thể đặt các tờ giấy sáp giữa mỗi lớp.
