Vi khuẩn khảo cổ di chuyển bằng cách sử dụng một dạng trùng roi để tự đẩy. Cấu trúc này trông giống như một chiếc đuôi rời ra khỏi cơ thể và vi khuẩn khảo cổ quay nó nhanh chóng, giống như một cánh quạt thuyền, để di chuyển.
Mặc dù trùng roi của vi khuẩn khảo cổ giống với vi khuẩn điển hình, nhưng trùng roi của chúng thực sự có cấu trúc khá khác biệt và lịch sử tiến hóa độc đáo. Do đó, một số nhà khoa học ủng hộ một tên riêng cho phần phụ trên vi khuẩn khảo cổ: vi khuẩn cổ. Cả hai roi và đốt sống đều hoạt động thông qua sự quay để di chuyển sinh vật về phía trước, dẫn đến sự kết hợp ban đầu của hai cấu trúc. Tuy nhiên, vào năm 2013, một nhóm các nhà khoa học quốc tế đã chỉ ra rằng hai cấu trúc này có nguồn gốc di truyền khác nhau, với xương cổ phát sinh từ protein FlaI.
Mặc dù thuật ngữ achaebacteria thường được sử dụng, những sinh vật này khác biệt với vi khuẩn. Thuật ngữ chuẩn hơn là "archaea". Hai sinh vật này có nhiều điểm tương đồng về cấu trúc: cả hai đều thiếu nhân thực sự, chỉ có một phân tử DNA duy nhất và có thành tế bào cứng. Tuy nhiên, vi khuẩn cổ có cấu trúc hóa học riêng biệt với vi khuẩn và chúng tiến hóa độc lập.
Archaea lấy năng lượng bằng cách ăn nhiều chất vô cơ, bao gồm lưu huỳnh, hydro và carbon dioxide. Ngoài ra, archaea tổng hợp năng lượng bằng cách sử dụng ánh sáng mặt trời. Tuy nhiên, quá trình cây cổ thụ biến ánh sáng mặt trời thành năng lượng khác với quá trình quang hợp ở thực vật. Archaea tiến hành bacteriorhodopsin, một quá trình cho phép chúng hình thành nền tảng của một chuỗi năng lượng riêng biệt với chuỗi năng lượng được sử dụng bởi thực vật và động vật.
