Puritanism là tôn giáo chính của New Hampshire thuộc địa. Nhà thờ Thanh giáo cuối cùng đã nhường chỗ cho Nhà thờ Congregationalist, là sự kết hợp của niềm tin Thanh giáo với các giáo phái Tin lành, Quaker và Baptist.
Bên ngoài Đảo Rhode thuộc địa, Thanh giáo là tôn giáo thống trị đối với tất cả những người thực dân ở New England. Những người theo đạo Thanh giáo có đời sống tôn giáo nghiêm ngặt, và những người bất đồng chính kiến bị đối xử khắc nghiệt. Năm 1689, Quốc hội Anh đã thông qua Đạo luật khoan dung, đạo luật này ngừng trừng phạt thân thể đối với những người bất đồng chính kiến, chẳng hạn như cắt tai của Quakers hoặc công khai đánh roi những người theo chủ nghĩa Baptists. Đạo luật này đã giải phóng các tôn giáo khác thành lập nhà thờ ở các thuộc địa Thanh giáo mà không bị trừng phạt. Chủ nghĩa Thanh giáo và Công giáo vẫn là tôn giáo chủ đạo cho đến khi Đại thức tỉnh kích động phong trào Tin lành vào giữa thế kỷ 18.
