Về bên trong, thực vật được trang bị hệ thống miễn dịch để bảo vệ chống lại mầm bệnh và nhiều loại cây sản xuất hóa chất để ngăn chặn sự tấn công từ những kẻ săn mồi tiềm tàng, chẳng hạn như bọ cánh cứng, sâu và các loại côn trùng khác. Một số loài thực vật cũng có gai nhọn và kim tiêm dọc theo thân và cành của chúng để làm cho chúng không hấp dẫn (và không thể ăn được) đối với con mồi, trong khi những loài khác mọc lên những bông hoa sặc sỡ chắc chắn rất đẹp mắt, nhưng quan trọng hơn, cảnh báo những kẻ săn mồi rằng thực vật có nọc độc hoặc hóa chất độc hại bên trong.
Giống như con người, thực vật có hệ thống miễn dịch bảo vệ chúng chống lại sự tấn công từ các mầm bệnh. Cũng giống như hormone và hóa chất bảo vệ con người chống lại vi rút, vi khuẩn và các bệnh khác, hệ thống miễn dịch của thực vật chứa các hóa chất và chất dinh dưỡng chống lại sự tấn công của bệnh tật và ký sinh trùng. Nhiều loài thực vật tạo ra các chất hóa học cần thiết để xây dựng hệ thống phòng thủ trong giai đoạn đầu của cuộc đời, trong khi những loài khác bắt đầu sản sinh ra các tác nhân đó sau khi gặp các mầm bệnh ngoại lai.
Ngoài hệ thống miễn dịch hoạt động của chúng, thực vật tiết ra các chất hóa học đặc biệt, thường không có mùi thơm và không nhìn thấy bằng mắt người nhưng có thể nhìn thấy và ngửi thấy từ xa bởi các loài chim, côn trùng và bọ. Một số loài thực vật, thay vì giữ chân những kẻ săn mồi, lại tạo ra các chất ngọt và có vị siro để thu hút rệp, sâu và các sinh vật khác; những loại xi-rô này được những sinh vật đó tiêu thụ và chứa chất độc cuối cùng giết chết chúng.
