Bột mì thô có thể nguy hiểm khi tiêu thụ do hàm lượng vi khuẩn cao. Bột mì thường không trải qua quá trình xử lý nhiệt để tiêu diệt mầm bệnh. Những mầm bệnh này, khi ăn sống trong các sản phẩm như bột bánh quy sống, có thể gây bệnh cho người tiêu dùng.
Năm 2009, một đợt bùng phát vi khuẩn E. coli đã xảy ra do bột bánh quy của Nestle Toll House, theo ghi nhận của kho lưu trữ tin tức WebMD. Có 77 người ở 30 tiểu bang bị ảnh hưởng bởi đợt bùng phát và tất cả đều sau khi ăn bột bánh quy Nestle Toll House mà không nướng trước. 35 người đã phải nhập viện khiến việc thu hồi ngay lập tức 3,6 triệu gói bột bánh quy.
Lúc đầu, thủ phạm của sự bùng phát được cho là trứng sống, nhưng sau khi kiểm tra kỹ hơn, CDC và FDA đã chỉ cho rằng chất gây ô nhiễm là bột mì thô. Vào thời điểm đó, nó không trải qua bất kỳ quá trình xử lý nhiệt nào để tiêu diệt mầm bệnh như các thành phần khác được tìm thấy trong bột bánh quy. Kể từ sự cố đó, một số nhà sản xuất, bao gồm cả Nestle, bắt đầu thực hiện quy trình gia nhiệt trong nhà máy của họ để giảm vi khuẩn trong bột với hy vọng tránh bùng phát thêm.
