Sự khác biệt giữa thằn lằn và kỳ nhông là thằn lằn là loài bò sát và kỳ nhông là động vật lưỡng cư. Bò sát chỉ sống trên cạn, trong khi lưỡng cư dành một phần thời gian ở dưới nước. Do đó, động vật lưỡng cư cần ở gần nguồn nước trong khi bò sát thì không.
Da của kỳ nhông mềm, dễ thấm nước và không có vảy. Giống như các loài lưỡng cư khác, kỳ nhông tiết ra chất nhầy trên da để giúp da giữ ẩm. Một số loài kỳ nhông có độc tố mạnh trong da. Chúng đẻ những quả trứng không có vỏ thành những khối giống như thạch hoặc trong nước tĩnh hoặc nơi ẩm ướt như nấm mốc. Trứng nở thành ấu trùng sống dưới nước và thở bằng mang. Khi chúng lớn lên, phổi của chúng phát triển và chúng có thể rời khỏi nước và hít thở không khí. Tuy nhiên, một số kỳ nhông vẫn giữ được mang của chúng ngay cả khi trưởng thành.
Thằn lằn có lớp da có vảy giúp chúng giữ được nước. Chúng không cần sống gần ao, hồ, suối và nhiều loài thằn lằn sống ở sa mạc. Trứng của chúng có dạng màng ối và được bảo vệ bởi lớp vỏ cứng hoặc da. Khi trứng nở, con non là thu nhỏ của cha mẹ chúng và không trải qua quá trình biến thái. Ngón chân thằn lằn có móng vuốt, điều này không đúng với kỳ nhông.
