Lý do chính mà các nhà khoa học và sinh viên nhuộm các tế bào hành tây là để giúp dễ dàng phân biệt các cấu trúc và bào quan khác nhau. Trong thực tế, hầu hết các tế bào được xử lý bằng các vết bẩn hoặc thuốc nhuộm để tạo cho chúng có độ tương phản cao hơn và nâng cao khả năng hình dung các đặc điểm chính của nhà nghiên cứu. Một số vết bẩn và thuốc nhuộm khác nhau đang được sử dụng phổ biến, bao gồm eosin, iốt và safranin.
Hành tây và các tế bào thành phần của chúng về cơ bản không màu. Nếu chúng được nhìn bằng kính hiển vi mà không có bất kỳ thuốc nhuộm hay vết bẩn nào, thì khó có thể hình dung được các bộ phận của tế bào. Tuy nhiên, khi nhuộm màu, nhiều cấu trúc khác nhau của tế bào có thể nhìn thấy được. Các loại vết bẩn khác nhau được sử dụng để giúp xác định các phần khác nhau của tế bào. Ví dụ, mực bút bi rất thích hợp để nhuộm nhân của các tế bào củ hành. Osmium tetroxide là một chất nhuộm màu đen được sử dụng để giúp tăng độ tương phản của lipid. Màu tím pha lê là một chất nhuộm được sử dụng cùng với một chất hóa học gọi là chất nhuộm màu để làm ố thành tế bào của tế bào thực vật.
Nhiều vết bẩn và thuốc nhuộm có hại, vì vậy chúng chỉ được sử dụng trên các tế bào không sống. Một ngoại lệ cho điều này là toluylene đỏ, có thể được sử dụng trên các tế bào sống. Bismark nâu là một vết bẩn khác có thể được sử dụng trên các tế bào sống.
