Theo Đại học California ở Santa Barbara, sự khác biệt chính giữa protista và nấm là nấm cần hô hấp hiếu khí để tồn tại, trong khi nguyên sinh vật có thể sống trong môi trường kỵ khí không có oxy. Khác Sự khác biệt giữa hai loại là sinh vật nguyên sinh luôn là đơn bào, nhưng nấm đôi khi có thể là đa bào.
Sinh vật nguyên sinh và nấm đều là vương quốc trong tổ chức của vạn vật trên trái đất. Chúng giống nhau về cách thức hoạt động và hành vi, nhưng chúng cũng có những điểm khác biệt. Cả hai đều thuộc về sinh vật nhân chuẩn, bao gồm cả thực vật và động vật.
Giới protista bao gồm các thành viên tự dưỡng và dị dưỡng. Sinh vật tự dưỡng có thể tự tạo ra năng lượng từ các nguồn bên trong cơ thể, trong khi sinh vật dị dưỡng phải dựa vào các nguồn bên ngoài để có được năng lượng cần thiết để tồn tại. Không có vương quốc nào khác được tạo thành từ các thành viên vừa dị dưỡng vừa tự dưỡng.
Nấm không thể được coi là tự dưỡng hay dị dưỡng, mặc dù chúng có quan hệ gần gũi hơn với sinh vật dị dưỡng. Các thành viên của vương quốc nấm tiêu thụ vật liệu chết hoặc thành phần, khiến chúng trở nên hoại sinh. Chúng không thể lấy vật liệu này từ bên trong cơ thể của chúng như sinh vật tự dưỡng có thể; thay vào đó, họ lấy nó từ các nguồn bên ngoài. Tuy nhiên, không giống như sinh vật dị dưỡng, vật chất không sống được khi chúng nhận được năng lượng cần thiết từ nó.
