Hít phải khói thuốc lá gây kích ứng các mô dọc theo khí quản, theo Healthline. Được gọi là niêm mạc đường hô hấp, mô này tạo ra chất nhầy khi chất kích thích tiếp xúc với nó. Theo thời gian, chất nhầy bám vào hắc ín từ thuốc lá và chất nhầy cản trở việc lọc các mảnh vụn ra khỏi đường thở.
Chất nhờn và hắc ín dọc theo lớp niêm mạc của khí quản giữ cho các lông mao không di chuyển như bình thường. Đây là những vật thể nhỏ như lông bao phủ bề mặt của tất cả các đường thở và thường đưa các vật thể ra khỏi đường thở. Tuy nhiên, chúng mất khả năng di chuyển vì hắc ín và chất nhờn tập trung xung quanh chúng. Theo Healthline, vì chất nhầy không thể di chuyển ra ngoài nên người bệnh sẽ phát ra "tiếng ho của người hút thuốc", mà cơ thể sử dụng để cố gắng tống chất độc và chất nhầy ra khỏi cổ họng.
Mặc dù hiếm gặp ung thư khí quản, nhưng hút thuốc là yếu tố nguy cơ chính đối với loại u khí quản xuất hiện thường xuyên nhất, ung thư biểu mô tế bào vảy. Ung thư này thường phát triển ở khí quản dưới, và khi khối u phát triển, nó sẽ xuyên qua thành đường thở, cuối cùng gây chảy máu và loét bên trong khí quản. Theo Trung tâm Ung thư Memorial Sloan Kettering, các triệu chứng bao gồm khó thở, thở khò khè, âm thanh gọi là stridor khi hít vào và ho kèm theo hoặc không kèm theo máu, theo Trung tâm Ung thư Memorial Sloan Kettering.