Trái cây bị phân hủy do vi khuẩn, nấm và các vi sinh vật khác xâm nhập vào trái cây và tiết ra các enzym gây thối rữa. Đẩy nhanh quá trình thối rữa cùng với các enzym xảy ra tự nhiên trong trái cây, sự thành công của những sinh vật này và các enzym cũng bị ảnh hưởng bởi các yếu tố môi trường như oxy và nước.
Để trái cây hư hỏng, tất cả các vi khuẩn hoặc nấm phải có mặt. Trái cây bắt đầu hư hỏng nhanh nhất thường bị hư hỏng trên bề mặt theo cách cho phép vi khuẩn dễ dàng xâm nhập. Ôxy trong không khí cũng nhanh chóng làm giảm chất lượng bằng cách gây ôxy hóa cho trái cây và cung cấp môi trường nuôi dưỡng cho các vi sinh vật. Nước cũng rất cần thiết cho sự thành công của các sinh vật và vì trái cây chứa một tỷ lệ lớn nước nên vi khuẩn và nấm phát triển càng được khuyến khích hơn nữa.
Sinh vật đầu tiên thường phá hoại trái cây là nấm vì chúng được trang bị nhiều hơn để phá hủy thành tế bào thực vật. Khi điều này xảy ra, các enzym được tiết ra sẽ bắt đầu thối rữa trái cây, làm cho nó trở thành vật chủ của quần thể vi khuẩn thuận lợi hơn, làm tăng tốc độ thối rữa hơn nữa. Một số môi trường có thể ngăn ngừa thối trái là những môi trường điển hình trong bảo quản thực phẩm như ngâm trong dung dịch axit hoặc ngâm trong đường.
