Có nhiều cách để đếm số lượng khuẩn lạc phát triển trong đĩa Petri, từ đếm đơn giản bằng tay đến máy móc phức tạp được thiết kế để đo điện tử sự phát triển của khuẩn lạc . Tùy thuộc vào số lượng đĩa Petri cần được đếm và tần suất đo diễn ra, những người dùng khác nhau sẽ được hưởng lợi từ các phương pháp đếm khác nhau.
Đếm bằng tay phù hợp với hầu hết các cài đặt phòng thí nghiệm, vì nguồn lực duy nhất cần thiết là thời gian. Nó vừa tiết kiệm và dễ dàng; bất kỳ ai có khả năng đếm và ghi lại các điểm quan sát được trong đĩa Petri đều có thể đếm các khuẩn lạc thông qua phương pháp này. Có một số công cụ đơn giản, bao gồm các điểm đánh dấu và bộ đếm được vận hành bằng cách bấm thủ công, có thể hỗ trợ trong quá trình ghi. Nhược điểm của việc đếm bằng tay là tốn nhiều thời gian và có thể dễ xảy ra sai sót do con người.
Có những máy được thiết kế đặc biệt để đo số lượng khuẩn lạc có trong đĩa Petri. Những máy này cung cấp cho người dùng một đầu ra bao gồm số đếm và mức tăng trưởng trong một khoảng thời gian cụ thể. Sử dụng máy đếm rất hữu ích trong môi trường phòng thí nghiệm, nơi tốt hơn dành thời gian cho các hoạt động khác hơn là đếm thủ công và nơi mà độ chính xác là cực kỳ quan trọng. Nhược điểm của việc sử dụng máy đếm bao gồm chi phí và chức năng có thể hạn chế của thiết bị, ngoài mục đích đếm đơn giản.
