Nguyên nhân cái chết của John Hancock không được biết rõ. Tuy nhiên, người ta biết rằng ông bị bệnh gút và sức khỏe của ông đã suy giảm vài năm trước khi qua đời. Ông qua đời tại nhà riêng vào năm 1793 ở tuổi 56 khi vẫn còn là thống đốc của Massachusetts.
Mặc dù John Hancock đóng một vai trò quan trọng trong việc tổ chức các thuộc địa và sự thành lập của Hoa Kỳ, ông nổi tiếng nhất với chữ ký của mình. Thật khó để bỏ sót chữ ký của John Hancock khi xem lại một bản sao của Tuyên ngôn Độc lập. Đây là phần dễ đọc và dễ nhận biết nhất trên tài liệu. Vào thời điểm ký kết, Hancock là chủ tịch của Quốc hội Lục địa. Vì vậy, ông là người đầu tiên ký vào tài liệu. Truyền thuyết kể rằng Hancock đã ký tên mình rất táo bạo vì ông muốn đảm bảo rằng Vua nước Anh có thể đọc tên của mình mà không cần đeo kính. Cho đến ngày nay, yêu cầu "đưa John Hancock của bạn" lên tài liệu là một cách yêu cầu ai đó ký tên vào tài liệu đó. Mặc dù Hancock có nguyện vọng tổng thống khi đến thời điểm bầu các quan chức để điều hành nước Mỹ mới thành lập, nhưng ông đã bị George Washington đánh bại trong cuộc bầu cử tổng thống đầu tiên.