Hai ứng dụng thực tế của giấy sắc ký là phân tích các chất có màu và một lượng nhỏ hỗn hợp. Các nhà điều tra pháp y sử dụng nó để xác định các thành phần trong hỗn hợp sơn và hỗn hợp ma túy.
Các chất màu thực vật và màu thực phẩm nhân tạo được phân tích bằng phương pháp sắc ký giấy bởi các nhà hóa học. Trong pháp y, các thành phần của thuốc có thể từ aspirin đến ma tuý trong mẫu máu và nước tiểu được xác định bằng cách sử dụng nó. Mẫu sơn xe có thể được phân tích để xác định chiếc xe đó đến từ loại xe nào, kiểu xe và năm sản xuất. Trong việc làm giả hoặc làm giả, mẫu mực có thể được phân tích để xác định cây bút đó đến từ loại bút nào và loại mực đã được sử dụng.
Sắc ký có nghĩa là viết bằng màu. Đây là một kỹ thuật phổ biến được sử dụng để tách các ion hoặc phân tử tùy thuộc vào thành phần và tương tác của chúng trong quá trình văn phòng phẩm và pha động. Chuẩn bị thử nghiệm, trong đó có mẫu được tách riêng, được áp dụng trên giấy sắc ký. Sau đó, giấy được đưa vào một thùng chứa với mép của nó chạm vào một dung dịch cụ thể trong thùng đó. Đây được gọi là "giai đoạn văn phòng phẩm." Do tác động của mao dẫn, dung dịch di chuyển lên trên tờ giấy, được gọi là "pha động". Khi dung dịch đến điểm mẫu hoặc vạch trên giấy, các phân tử hoặc ion trong mẫu di chuyển lên giấy cùng với dung dịch. Tốc độ của các ion hoặc phân tử phụ thuộc vào độ hòa tan của chúng trong dung dịch. Chúng càng dễ hòa tan, chúng di chuyển càng nhanh. Điều này dẫn đến sự hình thành sắc ký đồ hoặc giấy với nhiều điểm ion hoặc phân tử riêng biệt khác nhau.