Sắc ký được sử dụng trong khoa học pháp y để xác định việc sử dụng ma túy, phân biệt giữa các loại bột bom khác nhau và làm nổi bật thành phần hóa học của các chất khác nhau. Là một cách tiếp cận cho phép các nhà khoa học pháp y tách các thành phần hóa học, sắc ký hoặc phát hiện chất đó ngay lập tức hoặc giúp dễ dàng chuyển sang một bài kiểm tra chính xác hơn.
Sử dụng phương pháp sắc ký lớp mỏng, các nhà khoa học có thể truy tìm những tên cướp ngân hàng. Một số ngân hàng đặt thuốc nhuộm đỏ ở giữa các bó tiền, chúng sẽ phát nổ như một quả bom nhỏ khi bọn cướp lấy đi. Khi ai đó cướp ngân hàng, giao dịch viên đảm bảo một trong những bó này được giao cho họ. Mặc dù thuốc nhuộm đỏ này phát nổ và cho thấy tên cướp có tội, nhưng cần phải tiến hành sắc ký để phân biệt giữa thuốc nhuộm và các nguồn nhuộm đỏ khác. Vì không có loại thuốc nhuộm nào khác có thành phần giống như loại mà các ngân hàng sử dụng, nên xác định nó là một cách đơn giản để thu thập bằng chứng.
Sắc ký cũng được sử dụng để phân biệt giữa súng và bột bom. Các nhà hóa học nhúng bột vào dung môi, điều này có thể khiến chúng bị phân hủy thành các phần nhỏ hơn. Sau đó, các bộ phận cấu thành nhỏ hơn được đặt trong một máy sắc ký lỏng hiệu suất cao, máy này chịu tác dụng của các lực làm cho chúng di chuyển vào và ra khỏi ống. Bằng cách ghi lại tốc độ mà các chất này di chuyển và đo chúng theo thời gian lưu đã thiết lập, có thể xác định được loại bột.
Thử nghiệm ma túy là một ứng dụng sắc ký phổ biến trong khoa học pháp y. Bằng cách đặt các chất chiết xuất từ thuốc trên vật liệu silica và đặt nó trong dung môi, các nhà khoa học có thể theo dõi chuyển động của các phân tử và đo lường chúng dựa trên các dạng thuốc đã biết.
