Enzyme protease phân hủy protein thành peptide, trong khi enzyme peptidase phân hủy các mảnh protein nhỏ hơn thành axit amin. Pepsinogen được tiết ra bởi các tuyến dạ dày vào dạ dày, là một môi trường có tính axit cao sau một người ăn.
Tính axit khiến pepsinogen kích hoạt, phá vỡ các protein như là enzyme pepsin. Các enzym khác như chymotripsin, trypsin và carboxypedtidase cũng hỗ trợ quá trình tiêu hóa protein. Proteases và cuống lá cũng được sử dụng trong một số chất tẩy rửa để phá vỡ các vết bẩn hữu cơ. Các chất ức chế protease được sử dụng để giúp bệnh nhân nhiễm vi rút AIDS, vì vi rút sử dụng protease khi nó sinh sản.
