Các yếu tố phi sinh học của cửa sông là độ sâu của nước, độ mặn, chất dinh dưỡng, nhiệt độ không khí và nước, độ pH của nước, oxy hòa tan và độ đục hoặc vẩn đục. Chất dinh dưỡng là những chất có trong nước, chẳng hạn như dưới dạng nitơ và phốt pho, có sẵn cho sinh vật làm thức ăn.
Cửa sông là một hệ sinh thái nơi cửa sông hoặc suối gặp thủy triều biển. Yếu tố phi sinh học là một phần không sống của hệ sinh thái. Để xác định sức khỏe của các cửa sông, các nhà khoa học theo dõi cả các yếu tố phi sinh học và các sinh vật sống hoặc các yếu tố sinh học.
Độ pH đo độ axit hoặc độ kiềm. Giá trị pH bằng 7 là trung tính. Giá trị lớn hơn 7 là kiềm và nhỏ hơn 7 có tính axit. Nếu nước quá chua hoặc quá kiềm, một số loại sinh vật sẽ không phát triển.
Cửa sông là nơi chính trong chu trình dinh dưỡng của tự nhiên, nơi tạo ra nhiều nguyên tố sẵn có cho sinh vật làm thức ăn. Trong một cửa sông lành mạnh, các yếu tố luôn ở trạng thái cân bằng. Ví dụ, quá nhiều nitơ và số lượng tảo có thể bùng nổ, sử dụng các chất dinh dưỡng dư thừa, sau đó chết và sử dụng quá nhiều oxy khi chúng bị phân hủy. Khi tảo sử dụng quá nhiều thức ăn và oxy, chúng có thể từ chối chúng đối với các sinh vật khác. Ngoài ra, tảo nở hoa khiến độ pH tăng lên. Nếu sự nở hoa nghiêm trọng, sự gia tăng độ pH có thể giết chết các động vật thủy sinh.
Độ đục là thước đo chất lơ lửng trong nước. Nếu nước quá đục, ít hoặc không có ánh sáng mặt trời có thể xuyên qua để nuôi dưỡng thực vật thủy sinh, những sinh vật khác ăn và làm nhiệm vụ cần thiết
cung cấp oxy cho nước.
