Bánh hạnh nhân có tuổi thọ từ ba đến bốn ngày ở nhiệt độ phòng. Thông thường, bánh hạnh nhân nên được bảo quản trong phòng đựng thức ăn trong hộp kín. Bánh hạnh nhân có thể được đông lạnh không quá 4 đến 6 tháng để có chất lượng tối ưu nhưng vẫn an toàn để ăn vô thời hạn khi được bảo quản ở nhiệt độ dưới 0 độ F.
Mặc dù hầu hết các loại bánh hạnh nhân không cần bảo quản trong tủ lạnh, những loại bánh có đóng băng được làm từ các sản phẩm sữa cần được bảo quản trong tủ lạnh. Bánh hạnh nhân ủ lạnh có thể để được khoảng 3 đến 4 ngày và cần được bảo quản trong hộp kín hoặc bọc trong màng bọc thực phẩm. Bánh hạnh nhân không có bọt sữa có thể được bảo quản ở nhiệt độ phòng trong tối đa bốn ngày.