Khi sử dụng sắc ký giấy, khả năng hòa tan của các chất màu, mức độ hấp dẫn của giấy và kích thước của các hạt ảnh hưởng đến sự phân tách của các chất màu. Quá trình sắc ký hoạt động để tách các hỗn hợp chất thành từng chất riêng biệt của chúng. các thành phần.
Sắc ký giấy là một phương pháp phổ biến và nó dùng để tách các sắc tố khác nhau tạo nên một loại mực hoặc thuốc nhuộm cụ thể. Giấy sắc ký luôn có màu trắng tinh để không làm bẩn mẫu mực. Dung môi đi lên giấy và các sắc tố khác nhau trong mực in hoặc thuốc nhuộm di chuyển với tốc độ khác nhau. Sau khi quá trình hoàn tất, sẽ có những đốm mực trên giấy hiển thị các màu khác nhau tạo nên mực.