Nhiệt độ trong quần xã sinh vật cửa sông thay đổi theo mùa và cửa sông. Ví dụ, cửa sông Aln ở Anh có nhiệt độ trung bình từ 13 đến 17 độ C hoặc 55 đến 63 độ F. Nhiệt độ của cửa sông thường tương quan với sức khỏe của quần xã sinh vật.
Ôxy hòa tan rất cần thiết cho sự sống ở các cửa sông. Nhiệt độ cửa sông càng cao thì lượng oxy hòa tan trong hệ sinh thái càng ít. Ví dụ, sự gia tăng nhiệt độ khoảng 14 độ C có thể làm giảm lượng oxy hòa tan ít hơn một nửa mg mỗi lít. Các loài thực vật và động vật khác nhau có thể thích nghi với các điều kiện của cửa sông dựa trên cơ chế sinh học bẩm sinh của chúng.
