Khả năng sinh sản của nam giới bị ảnh hưởng tiêu cực bởi nội tiết tố nữ. Kích thước của tinh hoàn và sản xuất tinh trùng bị giảm ở nam giới bổ sung nội tiết tố nữ, báo cáo của TransGenderCare. Ngoài ra, kích thước của dương vật và tuyến tiền liệt giảm, ham muốn tình dục và tần suất cương cứng giảm, và lượng xuất tinh giảm.
Khi nam giới bổ sung nội tiết tố nữ, hệ thống sinh sản sẽ có những thay đổi rõ rệt. Đáng chú ý nhất là sự giảm kích thước của tinh hoàn, trong khi dương vật không có biểu hiện thay đổi mạnh mẽ, theo TransGenderCare. Việc sản xuất tinh trùng và testosterone giảm theo đó, ảnh hưởng tiêu cực đến chất lượng xuất tinh và ham muốn tình dục. Ngoài số lượng tinh trùng giảm, lượng xuất tinh cũng ít hơn. Do đó, nam giới không chỉ xuất tinh ra tinh dịch chất lượng thấp mà còn ít hơn.
Một nghiên cứu năm 1997 của Đại học Illinois Urbana-Champaign minh họa cơ chế đằng sau hiện tượng này. Các nhà nghiên cứu đã kiểm tra vai trò điều tiết của estrogen trong việc giải phóng tinh trùng từ tinh hoàn vào ống dẫn tinh. Estrogen thực sự được cho là cần thiết để tạo ra tinh trùng chất lượng cao, vì nó thúc đẩy sự tái hấp thụ chất lỏng không cần thiết từ tinh dịch và do đó tạo ra nồng độ cao của tinh trùng. Mặc dù các nhà nghiên cứu thừa nhận estrogen là cần thiết để xuất tinh khỏe mạnh, nhưng sự kích thích quá mức của các thụ thể này trong hệ thống sinh sản nam giới có tác động xấu đến khả năng sinh sản.