Các vấn đề đạo đức đối với DNA tái tổ hợp giải quyết mối lo ngại rằng các sinh vật và thực phẩm chứa DNA tái tổ hợp có khả năng nguy hiểm. Hầu hết các nhà khoa học coi công nghệ DNA tái tổ hợp là an toàn, trong khi nhiều nhóm vận động và y tế khác cho rằng các nhóm quản lý có thành kiến và cần có thêm nghiên cứu để đánh giá những nguy hiểm có thể xảy ra.
Sau các công bố đầu tiên mô tả việc sử dụng thành công công nghệ DNA tái tổ hợp vào năm 1972 và 1973, Hội nghị Asilomar về DNA tái tổ hợp đã được triệu tập vào năm 1975 để thảo luận về các hướng dẫn liên quan đến việc sử dụng công nghệ này. Nó đưa ra các khuyến nghị chi tiết và tạm hoãn thử nghiệm có thể nguy hiểm. Sau đó, Viện Y tế Quốc gia đã ban hành các hướng dẫn chính thức hơn. Các quy định của chính phủ dựa trên các nguyên tắc của NIH.
Liên minh các nhà khoa học có mối quan tâm, Hiệp hội người tiêu dùng hữu cơ, Quỹ động vật hoang dã thế giới và Tổ chức Hòa bình xanh đặt câu hỏi về đạo đức của việc sử dụng tự do công nghệ DNA tái tổ hợp. Những phản đối chính đối với trung tâm sử dụng của nó xung quanh những hậu quả lâu dài của nó khi được sử dụng trong việc sửa đổi thực phẩm. Các cân nhắc bao gồm khả năng nhiễm bẩn thực phẩm chưa biến đổi gen, ghi nhãn bắt buộc để xác định sản phẩm có sinh vật biến đổi gen, hiệu lực của các quy định của chính phủ, ảnh hưởng lâu dài đến môi trường và sức khỏe và giám sát đầy đủ đối với các công ty xử lý sản phẩm hoặc công nghệ DNA tái tổ hợp.
Tại Hoa Kỳ, các nhà phê bình đặt câu hỏi về tính khách quan của các cơ quan quản lý quá thông cảm với các tập đoàn bán sản phẩm có chứa DNA tái tổ hợp. Các nhà phê bình cũng phản đối tiêu chuẩn kép ở Liên minh châu Âu giữa trồng trọt lương thực để sử dụng trong EU và xuất khẩu.
