Hydro clorua là một phân tử phân cực vì nó chứa một liên kết cộng hóa trị có cực giữa hydro và clo. Điều này tạo cho hydro một phần điện tích dương và một phần clo mang điện tích âm.
Hydro clorua được hình thành khi một trong các electron hóa trị từ clo và electron của hydro được chia sẻ giữa hai nguyên tử để tạo thành liên kết cộng hóa trị. Các electron trong liên kết cộng hóa trị không được chia đều giữa hai nguyên tử. Điều này là do clo có độ âm điện lớn hơn và kéo các electron liên kết lại gần nó hơn. Điều này khiến hydro mang một phần điện tích dương và clo mang một phần điện tích âm, do đó làm cho phân tử có cực.