Có một số điểm khác biệt giữa hệ sinh thái tự nhiên và nhân tạo, bao gồm tính bền vững, tính đa dạng và mục đích. Hệ sinh thái tự nhiên có số lượng loài và thực vật đa dạng, trong khi hệ sinh thái nhân tạo thì hạn chế. Hệ sinh thái tự nhiên tự duy trì và là kết quả của phản ứng tự nhiên tự phát, trong khi hệ sinh thái nhân tạo cần sự hỗ trợ của con người.
Hệ sinh thái tự nhiên là kết quả của sự tương tác giữa sinh vật và môi trường. Ví dụ, một đại dương được phân loại là một hệ sinh thái biển, bao gồm tảo, sinh vật tiêu thụ và sinh vật phân hủy. Một chu kỳ xảy ra trong loại hệ sinh thái này bắt đầu bằng việc tảo chuyển đổi năng lượng thông qua quang hợp. Sau khi người tiêu dùng ăn tảo, năng lượng được chuyển giữa các sinh vật. Một khi người tiêu dùng chết trong hệ thống này, chất phân hủy sẽ biến chúng thành chất hữu cơ. Quá trình này diễn ra tự nhiên trong một khoảng thời gian, trong khi trong hệ sinh thái nhân tạo, cần có sự can thiệp của con người.Hệ sinh thái nhân tạo không thể tự duy trì và hệ sinh thái sẽ bị diệt vong nếu không có sự hỗ trợ của con người. Ví dụ, một trang trại là một hệ sinh thái nhân tạo bao gồm thực vật và các loài bên ngoài môi trường sống tự nhiên của chúng. Nếu không có con người, hệ sinh thái này không thể tự duy trì. Thực vật và động vật cần sự giúp đỡ của con người để ăn và tồn tại. Mục đích của hệ sinh thái nhân tạo là giải trí, giáo dục hoặc lợi nhuận. Mục đích của hệ sinh thái tự nhiên chỉ đơn giản là hoàn cảnh tự nhiên.
Một điểm khác biệt chính giữa hệ sinh thái tự nhiên và hệ sinh thái nhân tạo là tính đa dạng. Hệ sinh thái tự nhiên chứa đựng nhiều nhân tố và sinh vật tự nhiên hơn. Mối quan hệ giữa các sinh vật với nhau và môi trường trong hệ sinh thái này phức tạp hơn mối quan hệ của hệ sinh thái nhân tạo.
