Một số loài nấm tạo ra độc tố có hại gây bệnh tật hoặc tử vong khi ăn phải. Nấm cũng là nguyên nhân gây ra các bệnh nhiễm trùng da như nấm ngoài da và nấm da chân. Các loại nấm khác có bào tử trong không khí gây bệnh và nhiễm trùng đe dọa tính mạng, theo Fungal Infection Trust.
Các dạng nấm đơn bào, được gọi là nấm men, có khả năng gây bệnh. Candida albicans, một loại nấm men thường có trong miệng, thực quản, ruột và âm đạo, gây ra nấm miệng và nhiễm trùng nấm âm đạo hoặc ruột nếu nó phát triển quá mức. Một loại nấm men khác có tên là Cryptococcus neoformans gây ra một bệnh nhiễm trùng màng não nguy hiểm và có khả năng gây chết người được gọi là viêm màng não do cryptococcus.Mốc, là loại nấm đa bào, gây thối rữa thực phẩm và rau quả và tiết ra độc tố nấm mốc gây sẩy thai, dị tật bẩm sinh và ung thư gan, như Health Hype đã nêu. Tính đến năm 2012, bệnh nấm và nhiễm trùng đã phá hủy khoảng 125 tấn của năm cây lương thực hàng đầu mỗi năm, đó là gạo, lúa mì, ngô, khoai tây và đậu nành. Thiệt hại đối với những loại cây trồng này khiến nông nghiệp toàn cầu thiệt hại khoảng 60 tỷ đô la mỗi năm. Cây trồng bị thiệt hại ảnh hưởng không cân đối đến các quốc gia đang phát triển vốn phụ thuộc nhiều vào các loại cây trồng này. Các bệnh nấm mới đe dọa sự tồn tại của các loài lưỡng cư, ong, rùa biển, dơi và san hô có nguy cơ tuyệt chủng, theo Science Daily.
