Máy đo khối phổ là một công cụ đắt tiền không thể phân biệt giữa các đồng phân quang học hoặc hình học. Nó được sử dụng để phân tích khối lượng, công thức và cấu trúc của một hợp chất, đo tỷ lệ điện tích trên khối lượng của các mảnh .
Một máy khối phổ không thể phân biệt giữa các đồng phân hình học của một hợp chất. Đồng phân hình học là những hợp chất có cùng công thức phân tử nhưng công thức cấu tạo khác nhau; chúng được gọi là đồng phân cis và trans. Ví dụ, hãy xem xét hợp chất hữu cơ 1,2-đicloeten. Máy đo khối phổ không thể phân biệt và xác định hai đồng phân hình học của hợp chất này, đó là trans-1,2-dichloroethene và cis-1,2-dichloroethene.
Máy đo khối phổ không thể phân biệt giữa các đồng phân quang học. Đồng phân quang học là hình ảnh phản chiếu không chồng chất của nhau và được gọi là đồng phân đối quang. Ví dụ, alanin là một axit amin được cấu tạo bởi các dạng (+) và (-). Các chất đối quang phản ứng khác nhau với ánh sáng phân cực phẳng.Máy đo khối phổ không thể phân biệt giữa các nhóm thế ortho (o-), meta (m-) và para (p-) của các hợp chất thơm. Sự khử có thể xảy ra theo ba hướng khác nhau trong một hợp chất thơm. 1,2-disubstitute được gọi là vòng thơm ortho, trong khi 1,4-disubstitute được gọi là vòng thơm para. 1,3-disubstites được gọi là vòng thơm meta.
Máy đo khối phổ không xác định được các ion phân mảnh tương tự trong hydrocacbon. Quá trình ion hóa đôi khi tạo ra quá nhiều phân mảnh, vì vậy chúng tôi không thể xác định liệu ion khối lượng cao nhất có phải là ion phân tử của hydrocacbon hay không.
