Các nguyên nhân chính gây ô nhiễm nguồn nước ở Châu Phi là: đô thị hóa, phá rừng, các quá trình công nghiệp, khai thác mỏ và nông nghiệp. Ô nhiễm nước có thể được mô tả là sự ô nhiễm của các vùng nước như đại dương, hồ, tầng chứa nước và sông. Nó xảy ra khi các chất ô nhiễm được thải vào các vùng nước mà không loại bỏ hoặc xử lý các hợp chất có hại.
Khi nhiều người chuyển đến các thị trấn và thành phố ở Châu Phi, họ góp phần vào một số yếu tố dẫn đến ô nhiễm nước. Đô thị hóa dẫn đến ùn tắc ở các đô thị, dẫn đến việc quản lý và xử lý nước thải không đầy đủ. Khi nước thải chưa được xử lý từ các khu đô thị tắc nghẽn này được thải ra các vùng nước, nó sẽ gây ra ô nhiễm nguồn nước. Hóa chất từ các ngành công nghiệp ở đô thị cũng gây ô nhiễm nguồn nước.
Giải phóng mặt bằng để phát triển đô thị và nông nghiệp dẫn đến ô nhiễm nước. Khi đất không được che phủ, đất sẽ dễ bị xói mòn. Đất bị rửa trôi thành các vùng nước khi trời mưa, làm cho nước trở nên bẩn và không thích hợp cho con người sử dụng.
Nhiều nước đang phát triển ở Châu Phi đang có tốc độ phát triển công nghiệp nhanh chóng mà không có các biện pháp xử lý chất thải thích hợp. Các ngành công nghiệp tạo ra chất thải làm thay đổi độ pH của nước, thay đổi màu sắc của nước và dẫn đến hiện tượng phú dưỡng, một quá trình trong đó chất dinh dưỡng dư thừa gây ra sự phát triển dư thừa của thực vật và từ đó tạo ra ô nhiễm thêm.
Nhiều quốc gia châu Phi, chẳng hạn như Nigeria và Nam Phi, có rất nhiều hoạt động khai thác đang diễn ra, điều này làm tăng lượng muối và khoáng chất lắng đọng trong các vùng nước và ảnh hưởng đến độ pH của nước.
Hầu hết các nền kinh tế châu Phi dựa vào nông nghiệp. Một số phương pháp được sử dụng trong canh tác làm tăng xói mòn đất và sử dụng thừa phân bón và thuốc trừ sâu. Khi trời mưa, đất tơi xốp, phân bón dư thừa và thuốc bảo vệ thực vật trôi vào dòng nước, gây ô nhiễm nguồn nước.
