Chuỗi thức ăn của rạn san hô bắt đầu với tảo tạo ra thức ăn từ nước, khí cacbonic và ánh sáng mặt trời, chúng bị các sinh vật cực nhỏ, động vật không xương sống, cá và rùa ăn, chúng lần lượt bị các loài săn mồi ăn thịt. Tất cả các hệ sinh thái, bao gồm cả hệ sinh thái rạn san hô, đều có người sản xuất, người tiêu thụ và sinh vật phân hủy.
Các rạn san hô được tạo ra bởi san hô, động vật không xương sống liên quan đến hải quỳ và sứa biển sống thành đàn lớn và tiết ra bộ xương cứng làm bằng canxi cacbonat. San hô không thể tự sản xuất thức ăn, nhưng nhiều loài là vật chủ của nhiều loài tảo khác nhau trong mô mà chúng bảo vệ, và chúng nhận lại năng lượng từ chúng. Một số loài san hô tiêu thụ cá nhỏ hoặc động vật không xương sống trôi nổi. Các loại tảo khác sống bên ngoài san hô, dưới dạng các tế bào đơn trôi nổi tự do hoặc như rong biển.San hô và tảo được ăn bởi nhiều loại cá và động vật khác. Cá bướm, cá dũa và cá diếc là những loài chuyên ăn san hô, mặc dù các loài khác nhau ăn các phần khác nhau của san hô. Ở cuối chuỗi thức ăn là các sinh vật phân hủy và sinh vật ăn hại phân hủy các sinh vật chết. Trong rạn san hô, chúng chủ yếu là vi khuẩn. Tuy nhiên, các loài động vật cũng góp phần tái chế chất dinh dưỡng mà vi khuẩn thực hiện, bao gồm hải sâm, ốc, cua và giun lông.
