Các tác động tiêu cực tiềm tàng của công nghệ sinh học bao gồm rủi ro đối với con người khi ăn thực phẩm có nguồn gốc từ thực vật hoặc động vật biến đổi gen và nguy cơ gây hại cho thực vật và hệ sinh thái bản địa bởi thực vật biến đổi gen. Cũng có lo ngại rằng nông dân 'tài chính bị ảnh hưởng khi các tập đoàn độc quyền hạt giống biến đổi hoặc các sản phẩm nông nghiệp khác.
Cây trồng biến đổi gen là sản phẩm chính của công nghệ sinh học nông nghiệp. Một mối quan tâm khác là việc sử dụng hormone ở động vật, chẳng hạn như hormone tăng trưởng bò tái tổ hợp nhân tạo gây nhiễm trùng và các vấn đề sức khỏe khác ở bò. Các nghiên cứu chưa có kết quả chính xác về việc liệu bệnh ung thư và các tác động tiêu cực có thể có đối với sức khỏe ở người có phải do tiêu thụ các sản phẩm thực phẩm từ động vật được điều trị bằng hormone nhân tạo hay không.
Cây trồng biến đổi gen có thể gây ô nhiễm cây trồng tự nhiên bằng phấn hoa và gen được biến đổi gen, tạo ra các chủng vi rút hoặc cỏ dại mới, phá vỡ quá trình kiểm soát dịch hại tự nhiên và làm ô nhiễm đất với các chất độc có thể gây hại cho chuỗi thức ăn. Những chất độc này có thể gây hại cho công nhân nông nghiệp, gia đình của họ và những người khác trong cộng đồng nơi trồng cây biến đổi gen.
Hạn chế cây trồng của người nông dân ở mức ít hơn, các giống biến đổi gen cũng hạn chế đa dạng sinh học, điều này rất quan trọng trong việc chống lại hạn hán và bệnh tật ảnh hưởng đến cây trồng. Nếu có ít giống hoặc loài hơn trong một hệ sinh thái, quần thể sẽ dễ bị tổn thương hơn bởi một loài dịch hại độc canh có thể quét sạch nguồn cung cấp lương thực chính.
Một số quốc gia nơi bán GMOs thiếu sự giám sát và kiểm soát đầy đủ đối với các sinh vật để bảo vệ con người và môi trường.
