Tác dụng phụ của trà xanh matcha có thể bao gồm đau bụng và táo bón. Loại trà này có hàm lượng caffeine cao và Viện Y tế Quốc gia khuyến cáo không nên uống nhiều hơn năm tách mỗi ngày.
Với số lượng lớn, trà matcha, cùng với các loại trà xanh khác, cũng có thể gây mất ngủ, tim đập nhanh và chóng mặt. Caffeine trong trà có thể gây ra những tác dụng này, cũng như tiêu chảy và làm trầm trọng thêm hội chứng ruột kích thích .. Trà xanh có thể tương tác với một số loại thuốc, đặc biệt là những loại thuốc kiểm soát huyết áp và nhịp tim. Theo Viện Y tế Quốc gia Hoa Kỳ, nó có thể không an toàn cho phụ nữ đang mang thai hoặc đang cho con bú.