Nước muối có thể có tác hại đối với sự phát triển của cây bằng cách cản trở khả năng hấp thụ nước của cây do áp suất thẩm thấu bất lợi gây ra trong hệ thống rễ. Đây được gọi là hiệu ứng thiếu nước của độ mặn và dẫn đến tình trạng cây trồng được gọi là hạn hán sinh lý. Một lượng muối quá lớn xâm nhập vào cây qua đường thoát hơi nước cũng sẽ làm giảm sự phát triển do làm tổn thương các tế bào lá trong điều kiện được gọi là hiệu ứng dư thừa ion của độ mặn.
Nhìn chung, thực vật có thể bị thương khi lá hoặc rễ của chúng tiếp xúc với nước có chứa muối. Các phân tử nước được giữ chặt bởi các ion muối. Điều này khiến cây khó hút nước. Khi nước chứa muối xâm nhập vào đất, các ion natri cũng bám vào các hạt đất, làm cho mặt đất bị nén chặt và trở nên dày đặc, làm giảm khả năng thoát nước và thông khí. Thành phần clorua có thể huy động các kim loại nặng có trong đất và làm giảm sức sống và sự phát triển của thực vật.
Quá nhiều thành phần natri và clorua trong vùng rễ có thể khiến cây bị thiếu phốt pho và kali. Mặc dù thực vật cần những chất dinh dưỡng khoáng này, hệ thống rễ có thể bỏ qua chúng để có lợi cho việc hấp thụ các ion có nguồn gốc từ muối. Các ion clorua cũng có thể tích tụ ở mức độ độc hại trong thực vật và trở nên tập trung trong các mô đang phát triển tích cực của thực vật. Tình trạng này có thể gây chết cành và cháy lá.Bởi vì thực vật không có phương tiện để loại bỏ hoặc bài tiết quá nhiều muối khỏi mô của chúng như động vật có thể, cách phòng vệ duy nhất của chúng là loại bỏ muối qua lá và kim chết. Những cây không rụng lá hàng năm, chẳng hạn như cây lá kim, đặc biệt dễ bị tích tụ muối.
